山邊媽祖的LOGO是由陳綉華與朱秋足兩位信徒發願設計而成的。
其LOGO又可以分為Q版及正式版兩類。
而且這兩個LOGO已經完成著作權的登記，皆屬於山邊媽祖宮之智慧財產，未經授權不得抄襲。
設計的過程中，穿插著幾次，必須由廟方執事人員，以擲杯方式請示山邊媽，去指引其設計方向與主軸．幾次修正，此兼具山邊媽祖特色與創意的圖騰便也呼之欲出。其中最令人玩味的｢祖｣字，則經山邊媽指點後，要求務必去勾勒出，徒步進香這個重要元素。幾經腦力激盪，說來神奇，當年涉濁水溪後，所遺留下來的腳印圖騰就在腦海裡逐一呈現。
以下就是｢山邊媽祖｣這四個字及圖騰的解析
｢山｣: 姊妹情深，保佑眾生，神力無邊，指點迷津。(三座大山意指北港媽/白沙屯媽/山邊媽)
｢邊/媽｣: 頭旗引領，神轎相隨，鑼手相依，神采雀躍。
｢祖｣: 徒步進香，謁祖涉溪，飲水思源，年年不絕。